¿Cuándo surge Alcalá de Guadaíra? En época andalusí el Cerro del Castillo no tuvo un carácter urbano, limitándose a funcionar como fortificación o lugar de acampada de tropas. Estas características se mantienen hasta finales del siglo XIII: hasta 1280 no se produce la fundación de la Villa de Alcalá por el rey Alfonso X, estando precisamente los primeros pobladores encargados de la "guarda y custodia" del Castillo.
Tras la fundación de 1280, los pobladores se instalarían en el Cerro del Castillo, al exterior de la fortificación. A partir de este momento, la Villa de Alcalá continuaría creciendo durante toda la baja Edad Media (siglos XIV y XV), en torno a los barrios (collaciones) de Santa María y San Miguel, ambos amurallados durante esta época. Desde finales del siglo XIII, Alcalá de Guadaíra pasaría a depender del Concejo (antiguo Ayuntamiento) de Sevilla, encargado entre otras cosas de nombrar a los sucesivos alcaides encargados de la custodia del Castillo.
Tras la conquista del siglo XIII se establece también el territorio dependiente de la Villa de Alcalá, que llega hasta nuestros días como término municipal. A finales del período andalusí, este espacio se hallaba ampliamente explotado en sus recursos agrícolas. A partir del siglo XIII se transforma completamente el sistema de propiedad de la tierra, como consecuencia de la expulsión de los andalusíes y los repartos a los conquistadores, origen del sistema de latifundios o grandes explotaciones agrícolas, que se desarrollan sobre todo en la Campiña durante la Baja Edad Media.
Entre los siglos XIV y XV, Alcalá de Guadaíra desarrolla una importante economía agrícola, centrada en el cultivo de trigo y olivar. La producción de cereales potenció la industria molinera alcalareña, de tal forma que en esta época en el curso del Guadaíra y sus afluentes se construyen numerosos molinos (San Juan, El Algarrobo), además de reaprovecharse algunos ya existentes en época andalusí. La producción de harina permitió también el desarrollo de una importante industria del pan, que hacia el siglo XV abastecía ya a la capital, dando origen al sobrenombre de "Alcalá de los Panaderos".
En el siglo XV, Alcalá de Guadaíra era ya una de las poblaciones más populosas del entorno de Sevilla, con un poderoso castillo, numerosos habitantes, una sólida economía agrícola y una floreciente industria de transformación. Durante las luchas nobiliarias vinculadas a la coronación de Isabel I de Castilla (1474 - 1504), Alcalá es campo de batalla entre las familias enfrentadas de los Ponce de León y los Guzmán. El Castillo sería tomado por los Ponce de León entre 1471 y 1477, siendo usado como base desde la que hostigar a Sevilla (en poder de los Guzmán). Tras las "paces de Marchenilla", el Castillo volvería a la Corona castellana.
Junto con la Villa de Alcalá, durante la Baja Edad Media se desarrollan otras poblaciones en su término, consecuencia de repartos producidos tras la conquista castellana. Entre ellas cabe destacar las aldeas de Gandul y Marchenilla, parte de un extenso señorío que se mantiene prácticamente hasta el siglo XIX.